Свое начало история епархии берет от проповеди и насаждения Слова Божия в умы зырян-язычников Святителем Стефаном, епископом Великопермским на Коми земле во второй половине XIV века. Монах Ростовского Григорьевского монастыря Стефан, сын соборного Устюжского причетника, воспламенился ревностью быть апостолом этих идолопоклонников. Чтобы лучше исполнить добровольно принятый на себя апостольский подвиг, он сначала изучил язык зырян, составил для него азбуку и перевел несколько важнейших богослужебных книг. Взяв в Москве благословение у Коломенского епископа Герасима и получив от великого князя Дмитрия Иоанновича Донского охранную грамоту, св. Стефан отправился в Пермь Вычегодскую для проповеди. Достигнув Пермской земли (1376), он остановился в первом зырянском селении Пырас (Котлас) в 20 верстах от Сольвычегодска. Услышав проповедь о истинной вере на родном языке многие крестились, но и многие негодовали на св. Стефана, желая его убить. Св. Стефан перенес свою проповедь с устья Вычегды в устье Выми, самый центр зырянского края. Там была создана первая церковь Благовещения Пресвятой Богородицы. Соборный Благовещенский храм был поставлен на насыпном холме, укрепленном рвом и валом с деревянной стеной. На соседнем холме была построена монастырская Михаило-Архангельская церковь. По образовании Пермской епархии там был устроен монастырь, в котором пребывали Велико-Пермское архиереи. Неутомимо заботясь о духовном преуспеянии юной паствы, св. Стефан учредил при церкви училище, в котором сам был первым наставником, учил юношество часослову, псалтири и прочим церковным книгам, переведенным на зырянский язык. За короткое время св. Стефан обратил к Христу всех жителей от Пыраса до Гама. После семи лет проповеди св. Стефан отправился в Москву (1383) просить великого князя и митрополита, чтобы дали епископа новопросвещенному Пермскому народу. Митрополит Пимен вместе с освященным Собором за апостольские труды хиротонисал во епископа самого проповедника, а велики князь, удостоив его милостями, с богатыми дарами отправил в новую епархию. Так была создана восемнадцатая по счету в Русской Церкви Пермская епископия с центром во «владычном городе» Усть-Выми. По прибытии к своей пастве, святитель, имея по сану благодать и право посвящать других для совершения таинств, поставил избраннейших из зырян во иереи и диаконы. В течение тринадцати лет своего сподвижничества в епископском сане, св. Стефан заслужил вполне имя отца и благодетеля народа пермского: помогал в нуждах, снабжал жизненными припасами, защищал от притеснения вогуличей, новгородской вольницы и чиновников великокняжеских просил об уменьшении налогов, был их неусыпным стражем и миротворцем. Он учредил в своей митрополии несколько церквей с училищем при каждой и основал пять монастырей – два в Яренском уезде: Усть-Вымский и Архангельский и три в Усть-Сысольском: Вотчинский, Печорский и Ульяновский. Четырех первых и следов не осталось, а последний через несколько веков был выведен из ничтожества и запустения в благоустроенную обитель. Умер свт. Стефан Пермский во время одной из своих частых поездок в Москве 26 апреля 1396 года и похоронен у церкви Спаса на Бору. К лику святых причислен в 1547 году.

Епископ Исаакий (1398-1416) был рукоположен митрополитом Киприаном (20 января) 1389 года в Устьвымского епископа. Он был пастырь добрый. При нем был основан Троицкий монастырь в с. Мыелдино, по реке Печоре, что было неприятно вогулам, жившим в соседстве. 22 марта 1416 года еп. Исаакий присутствовал при посвящении Новгородского епископа в Москве и после этого уже не возвращался в Усть-Вымь.

Наиболее важный след в истории Пермской епархии оставили святители Герасим (после 1416-1443), Питирим (после 1444-1455) и Иона (1456-1470). Причисление их к лику российских святых произошло в 1607 году, однако местное их почитание началось гораздо раньше.

У современных летописцев нет указаний на то, когда свт. Герасим был поставлен в епископы и когда скончался. Древнее местное предание говорит о нем только то, что он был святой жизни, с ревностью очищал плевелы, появившиеся на ниве Христовой, и старался глубже укоренить в сердцах народа православную веру, не жалея для этого ни трудов своих, ни здоровья. Он часто осматривал свою епархию и оказывал помощь бедным. Предание говорит о том, что св. Герасима задушил его же омофором слуга вогул, которого святитель взял к себе с целью воспитать из него проповедника православной веры для диких соплеменников.

Преемником блаженного Герасима был поставлен архимандрит Чудова монастыря Питирим, известный по благочестию своему и иноческим подвигам. Св. Питирим часто беседовал с народом, объясняя (по-русски) им правила веры; он был на Удоре и на Печоре, где обратил вогулов в христианство. Это вызвало в вогульском князе Асыке ненависть. Владыка Пермский 19 августа 1455 года был варварски замучен князем Асыкою.

В 1455 году прибыл новый Владыка Перми Иона, главным подвигом которого было обращение к Христу народов великой Перми. После поездки в Москву на собор (1459-1460) св. Иона посетил зырян по реке Вишере. А в 1462-1463 он ездил на реку Каму, где в окрестностях Чердыни, учение Христово распространили, по преданию, печорские монахи. Иона окрестил князя камских зырян, которого назвал Михаилом, и для большего утверждения христианства в сердцах новопросвещенных воздвиг в г. Чердыни Богоявленский монастырь.

Продолжателем просветительской деятельности в Пермском крае был епископ Филофей (1471-1501). Зимой 1483 года смирившиеся и присягнувшие вогулы явились в Усть-Вымь, к епископу Филофею, для переговоров о подданстве, для чего епископ Филофей ездил с ними в Москву. Начиная с 1492 года по решению Собора было положено считать начало года с 1 сентября. В составлении новых Пасхалий принимали участие: митрополит, Новгородский владыка и Усть-Вымский епископ Филофей. В 1492 году Усть-Вымская епархия увеличилась присоединением вологодских церквей; с этого времени Усть-Вымские епископы по временам живут в Вологде. В апреле 1501 года Филофей оставил епископскую кафедру и удалился на покой; в августе он умер.

Далее в Усть-Вымской епархии были епископы: Никон (1502-1514), Пимен (с 1520г.), Алексий.

Столицей епархии Усть-Вымь была до 1564 года, когда епископ Иоасаф (1556-1566) окончательно перенес епархиальный центр в Вологду. Епархия стала наименоваться Вологодской и Пермской. С тех пор, около 500 лет, на Коми земле не было своей епархии.

За два века христианской истории Коми края известно всего лишь немногим более десяти построенных храмов. Достаточно полную картину храмостроительства и приходов края дают лишь документы конца XVI-XVII веков: в пределах земель, заселенных коми, было 28 приходов, 48 храмов и 8 часовен – немало для малолюдного края. С ростом населения число приходов и храмов медленно, но постоянно росло. В Коми крае было два поселения, выделяющихся обилием церквей: Усть-Вымь и Вотча. В XVIII веке в Коми крае появляются каменные храмы. В 1780 году по указу императрицы Екатерины II Усть-Сысольск стал городом, центром одноименного уезда. Расцвет Усть-Сысольска связан во многом с купеческой семьей Сухановых. При ее финансовой поддержке и началось строительство каменных храмов. «Золотым веком» храмостроительства стало девятнадцатое столетие. Если за вторую половину XVIII века было построено 33 храма, то за первую половину XIX века – 56 (в том числе 38 каменных), а до конца столетия еще 90 (27 каменных и 63 деревянных). Причиной тому почти вдвое возросшее число приходов. Наконец во второй половине XIX века в Коми крае вновь появляются монастыри – мужской Троице-Стефано-Ульяновский и женский Крестовоздвиженский Кылтовский. И уже не Усть-Вымь и Вотча выделяются числом храмов, а единственный в крае город Усть-Сысольск. После 1917 года храмостроительство было свернуто, и к маю 1941 года не осталось не одной действующей церкви. Только после войны было разрешено открыть три храма. 
С конца 80-х годов XX столетия началось восстановление православных приходов.

Возрождение епархии в Коми крае началось с восстановления Стефано-Ульяновского монастыря в 1994 году. В 1995 году решением Священного Синода открыта Сыктывкарская и Воркутинская епархия с центром в городе Сыктывкаре (бывший г. Усть-Сысольск). Епископом стал игумен Питирим (Волочков). Святейшим Алексием Патриархом Московским и всея Руси 9 мая 1996 года на 600-летие преставления святителя Стефана в городе Сыктывкаре был заложен фундамент собора Стефана Пермского. И уже в 2001 году собор был окончательно отстроен.

В Усть-Выми по сохранившимся фотографиям возведена часовня над местом погребения святителей Герасима, Питирима и Ионы, епископов Пермских.

Архиерейский Юбилейный Собор 2000 года определил: «В послесоборное время поименное включение в состав уже прославленного Собора новомучеников и исповедников Российских совершать по благословению Святейшего Патриарха и Священного Синода, на основании предварительных исследований, проведенных Синодальной Комиссией по канонизации святых» (пункт 14 Деяния о Соборном прославлении новомучеников и исповедников Российских).

Решением Священного Синода от 6 октября 2001 года, постановили включить в Собор новомучеников и исповедников Российских ХХ века имена подвижников, материалы о которых представлены:
Епископа Вязниковского Германа Ряшенцева (1874- 15 сентября 1937 г.г.),
Священника Стефана Ермолина (1891- 15 сентября 1937 г.г.)
Священника Палладия Попова (1879- 23 сентября 1937 г.г.),
Священника Иоанна Попова (1863- 23 сентября 1937 г.г.),
Иеромонаха Платона Колегова (1865- 15 августа 1937 г.г.),
Иеромонаха Мелетия Федюнева (1871- 23 сентября 1937 г.г.),
Священника Иоанна Павловского (1876- 19 сентября 1937 г.г.),
Священника Николая Шумкова (1886- 21 августа 1937 г.г.),
Священника Григория Бронникова (1876- 25 августа 1937 г.г.),
Священника Николая Доброумова (1876- 25 августа 1937 г.г.),
Священника Всеволода Потеминского (1870- 19 сентября 1937 г.г.),
Священника Димитрия Спасского (1877- 19 сентября 1937 г.г.),
Монахини Елисаветы Ярыгиной (1879- 12 сентября 1937 г.г.),
Евфимия Кочева (1867- 18 сентября 1937 г.г.).
Решением Священного Синода от 26-27 декабря 2001 года, постановили включить в Собор новомучеников и исповедников Российских ХХ века имена подвижников, материалы о которых представлены:
Священника Павла Малиновского (1874- 12 сентября 1937 г.г.),
Псаломщика Михаила Ерегодского (1878- 31 августа 1937 г.г.).
Решением Священного Синода от 12 марта 2002 года, постановили включить в Собор новомучеников и исповедников Российских ХХ века имена подвижников, материалы о которых представлены:
Павла Елькина (1876- 15 сентября 1937 г.г.).
На приходах, где несли свое служение прославленные святые, были написаны иконы, а также их имена поминаются на отпустах при Богослужении. 
За время существования епархии ее 5 раз посетили с Первосвятительскими визитами два Патриарха – Патриарх Алексий Второй в 1996 году и 1999 году и вновь избранный Патриарх Московский и всея Руси Кирилл – в 1999 году на учредительную конференцию Коми отделения ВРНС, в 2005 году – на празднование 10-летия образования Сыктывкарской и Воркутинской епархии и в 2016.

По состоянию на 31 декабря 2011 в Сыктывкарской и Воркутинской епархии насчитывается 192 храма, молитвенных дома и молитвенных комнат при различных социальных учреждениях. В них установлено более 150-ти алтарей, на которых совершается Божественная Литургия.

16 апреля 2016 года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви было принято решение об образовании Воркутинской епархии, выделенной из состава Сыктывкарской епархии. В новообразованную церковно-территориальную единицу вошли Воркутинский, Вуктыльский, Интинский, Усинский городские округа, а также Ижемский, Печорский и Усть-Цилемский районы Республики Коми.

Епископом Воркутинским и Усинским избран игумен Иоанн (Руденко), клирик Шуйской епархии.

Правящим архиереем Сыктывкарской епархии остался Преосвященный Питирим, возведённый Синодом в сан архиепископа с титулом «Сыктывкарский и Коми-зырянский».

Общая статистика по Сыктывкарской епархии
1. Число мужских монастырей 3
2. Число женских монастырей 4
3. Число храмов (имеющих престол)- 158
4. Число часовен (строения с храмовой архитектурой, но не имеющие престо-
ла)- 23
5. Число иных молитвенных помещений (молитвенные дома, комнаты) -26
6. Число молитвенных помещений любого вида при учреждениях (светских
учебных заведениях, ИУ, военных частях, больницах и т.п.) - 37